Württemberg übernimmt von Österreich

Durch die Niederlage Österreichs gegen Napoleon (Dritter Koalitionskrieg) im Frieden von Pressburg (1805) musste Österreich viele Gebiete abtreten. Die vorderösterreichischen Besitzungen, zu denen auch Rottenburg gehörte wurden aufgelöst.

Rottenburg fiel 1806 an das Königreich Württemberg, das unter König Friedrich I. stark erweitert wurde (Teil des "Rheinbunds")

Mit dem Übergang an Württembrg endete die habsburgische Zentralverwaltung. Die Klöster wurden im Zuge der Säkularisation teilweise aufgehoben, viele verloren ihren Einfluss. Die neue württembergische Regierung führte Verwaltungsreformen durch und zentralisierte die Macht in Stuttgart.

Württemberg war überwiegend protestantisch, aber Rottenburg blieb katholisch geprägt. Deshalb wurde Rottenburg 1821 zum Sitz des neu gegründeten katholischen Bistum Rottenburg (heute Rottenburg-Stuttgart). Die Stadt wurde Sitz von einem Priesterseminar, einer theologischen Fakultät und anderen kirchlichen Schulen.

Im 19. Jahrhundert wurde rottenburg langsam an das Schinennetz angebunden. Es entstanden erste Industriebetriebe, allerdings blieb Rottenburg eher kleinstädtisch geprägt im Vergleich zu größeren württembergischen Städten wie Reutlingen, Tübingen oder Stuttgart.